Wedle dokumentacji KS0108 potrzebuje przynajmniej 2V, żeby sygnał został rozpoznany jako jedynka, więc w tym wypadku spokojnie mieścimy się w granicach, jeszcze z pewnym zapasem. Tym bardziej nie rozumiem dlaczego zastosowano pull-upy do 5V.
No właśnie chodzi o to, że nigdzie w dokumentacji AT91SAM9260 nie znalazłem informacji o jakichkolwiek pinach 5V tolerant. Obawiam się, że układ był zaprojektowany do pracy z sygnałami 3,3V, a przy nieprzewodzącym tranzystorze wyjściowym (albo po resecie, gdy porty nie są skonfigurowane) podajemy na piny 5V. Nie wiem jak to wpłynie na działanie układu w dłuższej perspektywie.
Nie wiem czy jednak nie byłoby dobrym pomysłem zrezygnowanie z pracy w trybie otwartego drenu, usunięcie zewnętrznych rezystorów i przełączenie portów na standardowy tryb push-pull w logice 3,3V. KS0108 powinien zadziałać bez problemu, a w razie czego można dać jakiś bufor z rodziny
74HCT.