IMO se si tratta di due batterie diverse, la presenza del dc-dc e del suo ripple eventuale e la connessione di massa non sono in relazione. Diverso sarebbe stato se tu, per isolare galvanicamente due moduli alimentati dalla stessa batteria, avessi interposto un dc-dc a uno dei moduli: in tal caso le capacità parassite ingresso-uscita el dc-dc avrebbero potuto giocare un ruolo.
RI-IMO, in linea di principio nulla osta allo schemino che hai postato
Ciao OlMirko