A ver, por lo pronto, D6 no tiene nada que ver con la patilla 3. Supongo que te refieres a D4 y D5. Si has montado el programador según mi esquema, ese -12V lo estás midiendo respecto a la masa del puerto serie, y no respecto a la masa del programador. Date cuenta que no coinciden, sino que la masa del puerto serie está conectada a Vcc del programador. Así, todas las señales del puerto serie, respecto a la masa del programador son unos 5V mayores que respecto a la masa del puerto serie. Bueno, cuando el puerto serie pone -10V (no es normal que los niveles sean
+12V y -12V) en la patilla 3 respecto a su masa, lo que ve el programador es -5V respecto a su propia masa. Pero entonces D4 entra en conducción y reduce esta tensión a -0.7V (la capacidad de entregar corriente del puerto serie es pequeña). En cambio, si el puerto serie pone en la patilla 3 +10V, lo que ve el programador es +15V, y gracias a D5 en Vpp tendremos sólo +12V. Partiendo de la base de que hayas montado bien el circuito (deberías comprobar una a una todas las conexiones del esquema teórico), tendrías que conectar el programador, y abrir ICProg y configurarlo, y medir las tensiones respecto a la masa del programador. Si midiendo así, la tensión en la patilla 3 del puerto serie es menor que -0.8V o cosa así, es probable que D4 esté jodido o montado al revés, o que haya algún fallo en el circuito.
A todo esto, no has dicho si el problema es que no te funciona el programador o es que estás elucubrando...