Jeśli chodzi o programowanie EEPROM z poziomu nowszych AVR Studio to niestety tak będzie. Trochę szybciej (tak gdzieś z 50%) będzie z poziomu AVR DUDE. Po prostu Atmel w swoim środowisku stosuje z zapasem zalecane odstępy czasowe (Twd_eeprom) między kolejnymi bajtami podczas zapisu do pamięci EEPROM. To że USBASP zakaszania podczas zapisu do eeprom-u wynika tylko z niefrasobliwości twórców oprogramowania obsługującego ten standard.
Pozdrawiam.