AT91RM9200 ...

Przeczytaj opis bootloadera '9200 to sie wszystko wyjasni. Jak pewnie dobrze wiesz, ten procesor nie ma w srodku pamieci Flash wiec programowanie bardzo zalezy od okolicznie podlaczonych peryferiow. A bootowac sie moze m.in. z pamieci rownoleglej i z pamieci szeregowej DataFlash. Z USB tez pewnie moze.

Ja wrzucam program do RAMu przez UART (COM) - normalnie zglasza sie XModem na 115200,8N1 i wrzucasz plik (ramki 128-bajtowe czyli klasyczny XModem CRC). A potem tylko od wrzuconego programu zalezy, co chcesz zrobic. Program nie moze przekroczyc AFAIR 12 KB (ten proc ma w srodku