Вот так у них в виндах всегда, само... start.exe покажи? Кому ты этот start скармливать будешь? (да, в 98-й был, а в XP пропал). Нет, я догадываюсь, что если через system() (или как он у вас там называется) звать, то так и получается, "само", просто потому, что cmd.exe этим system() и будет запущен первым делом (догадываюсь, с окошком). :-/
Затем, чтоб отвязать от этого самого cmd (и его окна) запускаемую программу, чтоб cmd её завершения не ждал. А cmd нужен, соответственно, для вызова start.