Los .BIN no se ven con editores de texto, porque los datos no corresponden a códigos ASCII, como pasa con los .HEX, así que el que no lo veas en Ultraedit es normal. Si lo abriste con Ultraedit antes de intentar grabarlo, prueba a bajártelo otra vez. Según como lo tengas configurado, Ultraedit puede cambiarte los retornos de línea y esas cosas automáticamente (creyendo que es un archivo de texto).
De todas formas deberías especificar qué error te da, y quien te lo da. Si estás usando ICProg y el fichero está corrupto, debería darte error al abrirlo. Si el error te lo da al grabar, di si ya has conseguido grabar EEPROMs otras veces. Di también el tamaño exacto del fichero y el modelo de EEPROM (el tamaño del fichero debería corresponder exactamente a la capacidad de la EEPROM).