Ah, quindi non le aveva collegate in serie e faceva casino con "una sola batteria" (da 6V nominali), caricandola a 14,7V (scoppiaaaa...)? Se le tensioni sono a posto, ipotizzerei quindi di testare separatamente le due batterie: hai visto mai che una e' andata (e quindi la tensione sale troppo in fretta) e l'altra e' ancora sana?
Fabrizio